Įmonėje yra įdiegta aplinkos apsaugos vadybos sistema, sertifikuota Švedijos Nacionalinio Bandymų ir Tyrimų Instituto (2005 m. vasario 17 d.), atitinkanti LST EN ISO 14001 reikalavimus ir apima visus bendrovės padalinius.
2006 m. gruodžio mėn. patvirtintas Taršos integruotos prevencijos ir kontrolės leidimas AB ,,Akmenės cementas“ išmetamiems teršalams. Normatyvai parengti įvertinus geriausiai prieinamus gamybos būdus (GPGB) pažangiausiose cemento gamybos įmonėse. Leidimas buvo atnaujintas 2018 m. liepos 18d.
Aplinkos apsaugos gerinimo srityje tikslams ir uždaviniams pasiekti, sudarytos aplinkos apsaugos programos, kuriose numatyti konkretūs veiksmai, priemonės ir lėšos joms įgyvendinti, terminai bei atsakomybės. Programos atnaujinamos nustačius naujus tikslus ir uždavinius. Gerinimo planai yra tiesiogiai susieti su vadybos sistemos programa, skirta taršos mažinimui, išteklių racionaliam panaudojimui.